637年に勧請された古社で本殿は市指定の文化財。「菌」とは「キノコ」のことで、大昔この地が飢餓 に見舞われた時、一夜にして境内にキノコが生え人々を救ったと伝えられる。5月3日の祭礼では古代より伝わる雑魚（じゃこ）のなれ寿司が神饌として供えられる。

御朱印につきまして、受付は伊砂砂神社での受付となっております。菌神社での直接の受付はございませんので、ご注意ください。